В случае если ваш домашний каталог зашифрован (ecryptfs) и необходимо сменить пользовательский пароль, то помимо смены пользовательского пароля, так же необходимо изменить контрольную фразу на вашем зашифрованном каталоге.

Если у вас система с GUI, то переходим в терминал Ctrl + Alt + F2, авторизовываемся и выполняем следующие действия.

Задаем новый пароль пользователя:

passwd jakonda

Монтируем зашифрованный каталог:

ecryptfs-mount-private

Задаем контрольную фразу, аналогичную заданному паролю пользователя:

ecryptfs-rewrap-passphrase .ecryptfs/wrapped-passphrase

Для проверки,  перелогиньтесь в систему.